В октябре 2001 года при содействии Президента Университета В.У. Агеевца, ректора В.А. Таймазова, Президента ВФПС, Представителя Президента в Государственной Думе А.А. Котенкова в университете было принято решение создать кафедру парусного спорта. Возглавить её было предложено заслуженному мастеру спорта, призеру олимпийских игр, главному тренеру сборной команды России по парусному спорту Акименко В.И. 
Основной целью работы кафедры становиться подготовка высококвалифицированных специалистов различного уровня для яхтенной отрасли страны.  В процессе разработки программы выяснилось, что для решения поставленной цели необходимо дифференцировать подготовку специалистов для инфраструктуры  яхтинга как минимум  по шести направлениям, имеющим много общего, но значительно отличающихся по аспектам и подходу к одним и тем же наукам, изучаемым в рамках курса теории и методики избранной специализации. Было предложено разделить подготовку студентов на следующие направления:

·         По олимпийским и детским классам
·         По парусным доскам и кайтингу
·         По зимним видам (буерам)
·         По океанским гонкам и гонкам открытого моря
·         Яхтенный туризм
·         Прикладные виды

В 2007 году на кафедре в содружестве с факультетом адаптивной физической культуры появилось еще одно направление -  адаптивный яхтинг. При непосредственном участии заведующего кафедрой Акименко В.И. была проведена подготовка сборной команды России по адаптивному яхтингу, которая успешно выступала на Летних Специальных Олимпийских играх и завоевала в 2007 году в Шанхае  7 медалей, из которых 2 золотые, 4 серебряные и 1 бронзовая, в 2011году в Афинах 3 медали (1 золотая, 1 серебряная, 1 бронзовая), в 2015 году в Лос Анжелесе 4 медали (2 золотые, 1 серебряная, 1 бронзовая).

В 2011 году в связи с  реорганизацией кафедры были добавлены еще две специализации – автомобильный спорт и водно-моторный спорт и изменилось название – кафедра водно-моторного и парусного видов спорта. Возглавил кафедру доктор экономических наук, доцент,  президент федерации водно-моторного спорта России Лукманов Юнис Халитович.

На кафедре проводится научная работа, сотрудники кафедры принимали активное участие в комплексной научной группе по обеспечению сборной команды России по парусному спорту, являлись соисполнителями научных тем, разрабатываемых кафедрой, готовятся и защищаются диссертационные и магистерские работы.
Студенты и выпускники кафедры представляли наш университет на Олимпийских играх в Пекине, в Афинах (Шереметьев Михаил и Шереметьев Максим в классе «470»), на протяжении многих лет успешно выступают на международных соревнованиях (Третьяков Дмитрий, Москвичев Александр, Кучеренко Борис, Судаков Артем, Ломатченко Валерия, Хворикова Анна), побеждают на чемпионатах и первенствах России.

Кафедра активно сотрудничает с региональными спортивными федерациями – Санкт-Петербургский парусный союз, федерация водно-моторного спорта Санкт-Петербурга, федерация автомобильного спорта Санкт-Петербурга;  с образовательными организациями города – Академия парусного спорта, ГБОУ школа высшего спортивного мастерства по водным видам спорта, ГБОУ «Балтийский берег» на базах которых студенты кафедры проходят практику.
Преподаватели кафедры ведут не только учебную и научную работу, но также на практике организуют тренировочный процесс и являются тренерами экипажей сборной команды России и Санкт-Петербурга. На базе Санкт-Петербургского речного яхт-клуба профсоюзов успешно работает детская спортивная школа, созданная при непосредственном участии  преподавателей кафедры.

В 2016 году  НГУ. П.Ф. Лесгафта  заключили в лице нашей кафедры заключил договор о сотруднечестве с АНООДО "Академия Парусного Спорта" ПАО "Газпром".
В 2021 году  были  заключены договора о сотрудничестве и совместной деятельности между НГУ им.П.Ф.Лесгафта и Санкт-Петербургским паруснум союзом, а так же СШОР "Крестовский остров по парусному спорту".
В 2022 году  были  заключены договора о сотрудничестве и совместной деятельности между НГУ им.П.Ф.Лесгафта и Всероссийской Федерацией Парусного Спорта, Санкт-Петербургским парусным союзом.